Akcja filmu rozgrywa się po sześciu miesiącach od zakończenia wydarzeń z pierwszej części. Neo (w tej roli Keanu Reeves) staje się coraz potężniejszy i odkrywa kolejne aspekty rzeczywistości, w której żyje. Agent Smith (w tej roli Hugo Weaving) powraca, zyskując nowe moce i stając się zagrożeniem dla wszystkich w Matrixie.

Neo, Morfeusz (w tej roli Laurence Fishburne) i Trinity (w tej roli Carrie-Anne Moss) rozpoczynają misję, aby dotrzeć do Maszyny i zakończyć wojnę między ludzkością a maszynami. W trakcie tej misji, bohaterowie zostają zaatakowani przez programy przeciwko nim skierowane.

Matrix Reaktywacja jest filmem pełnym akcji, efektów specjalnych i scen walki. W porównaniu z pierwszą częścią, film zawiera więcej elementów filozoficznych i religijnych, które wprowadzają dodatkowe zagadki i tajemnice. Warto zauważyć, że Matrix Reaktywacja stanowi tylko pierwszą część dwuczęściowego finału sagi, kontynuowanego w filmie Matrix Rewolucje.